“飞越高黎贡”无人机航拍大赛开赛

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试验结果采用平均值表示，每个试验平行三次，采用Excel2010进行数据处理。320R低温离心机，德国Hettich公司。

AdvantageA10超纯水净化仪，美国Millipore公司。因此，建立灵敏度高、准确可靠的乳制品中4种常用香料的检测方法对乳制品质量安全监管具有重要意义。扫描模式：多反应监测模式（MRM），带星号离子为定量离子。目前，此四种化合物同时检测的方法主要有分光光度法，高效液相色谱法，二维液相色谱法，气相色谱-质谱法，液相色谱-串联质谱法等PXA固相萃取柱，（150mg，6mL）迪马公司。

甲酸色谱纯，德国CNW公司。1.3 数据处理通过Masslynx工作站及数据处理系统采集分析质谱图，外标法定量。基因坐标点离标准曲线的距离近且数量较多说明偏好性主要受到突变的影响。

结果显示RSCU＞1的密码子共31个，出现频率相对较高的是以A（13个）或T（16个）结尾的密码子，是芒果基因组偏爱。说明芒果基因组密码子偏好性与GC3的差异有关，突变对芒果叶绿体基因组密码子偏好性的影响较大。GC12与GC3的相关系数0.279（表2），双尾检测相关性不显著，回归系数（曲线斜率）为0.3544，相关性较弱。以G（1个）或C（1个）结尾的密码子出现的频率较低且RSCU值多小于1，说明这些是基因组非偏好的密码子。

2.4 PR2-plot绘图分析PR2-plot绘图通过分析密码子第3位碱基的组成关系，揭示密码子使用偏好性的影响因素。2.2 中性绘图分析芒果叶绿体基因组GC12的取值范围在0.33～0.56之间，GC3的取值范围在0.18～0.32之间，基因全部落在中线对角线上方（图1）。

由图3可以看出芒果基因在4个区域内分布不均匀，多数分布于平面图的左下方。2.3 ENC-plot绘图分析ENC-plot绘图以ENC比值[（预期ENC值～实际ENC值）/预期ENC值]和ENC比值频数判断偏好性影响因素，揭示ENC与GC3s的关系，反映碱基组对密码子偏好性的影响程度。反之说明偏好性受选择的影响较大。T和C在密码子第3位出现的频率较高，G与C、A与T的使用频率不相等，T的使用频率高于A，C的使用频率高于G，嘧啶的使用频率高于嘌呤，说明突变不是影响芒果密码子使用偏好性的唯一因素，选择等其他因素对芒果密码子使用偏好性也产生一定的影响。

2.5 相对同义密码子使用度分析利用codonW软件对芒果55条基因序列的RSCU值进行计算（表4）。图2结合表3显示60%共33个基因分布在0.05～0.05之间，这33个基因的实际ENC值与预期ENC值接近，与标准曲线的距离较近，分布在0.05～0.05之外的基因有22个，这22个基因与预期ENC值较远，在标准曲线较远的位置。相关链接：芒果，基因组，嘧啶，嘌呤声明：本文所用图片、文字来源《热带作物学报》，版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题，请与本网联系。

结合图1和表2表明芒果叶绿体基因组密码子第1、2位和第3位碱基之间关联性不大，自然选择在芒果叶绿体基因组密码子偏好使用中起主要作用GC1和GC2、GC3显著相关，说明芒果叶绿体基因密码子3个位置上的碱基组成相似。

RSCU表示一个密码子的实际使用频率与无偏好性时理论使用频率间的比值。外观秀丽、果香四溢，含有丰富的维生素、蛋白质、胡萝卜素等，营养价值极高，深受大众的喜爱，是南方热区果农增值创收的主要水果之一。

密码子的使用频率不同，有的密码子使用频率高于其他同义密码子，形成了密码子偏好性。不同物种密码子偏性不同，但同一种物种或者亲缘关系相近的物种间却使用了相似的偏好性。目前为止尚未发现芒果密码子使用偏好性相关方面的研究报道，本研究通过对芒果叶绿体基因组密码子组成及相关参数进行分析，首次阐明芒果密码子使用偏好性的特点，确定芒果叶绿体基因组的最优密码子及密码子偏好性发生的因素，为芒果资源保护、性状改良及叶绿体基因组的应用和研究提供参考依据。从密码子不同位置的碱基组成来看，GC在密码子的分布不均匀，GC1、GC2、GC3含量分别为47.14%、39.73%和29.35%，第3位上的GC含量低于前两位，分布趋势为GC1＞GC2＞GC3。不同基因组有其特有的密码子使用模式，密码子使用模式的分析有助于理解生物体适应性及其在系统发育进化史的地位，有益于基因表达水平的调控与基因的改造。1.4 ENC-plot绘图分析以有效密码子ENC为纵坐标，GC3s为横坐标，绘制散点图，计算公式：ENC=2+GC3s+29/[GC3s2+（1-GC3s）2]。

叶绿体是植物特有的细胞器，具有高度的保守性及较低的进化率，是研究植物条形码最有潜力的基因序列，在植物系统进化、物种鉴定等方面广泛应用。GC3s的含量26.29%，表明密码子中的第3位碱基以A/T结尾为主。

RSCU1时，表示该密码子的使用频率高于其他同义密码子。ENC值与GC2显著负相关，与GC3极显著相关，表明第2、3位上的碱基组成，特别是第3位对密码子的偏好性影响较大。

相关链接：维生素，胡萝卜素，蛋白质声明：本文所用图片、文字来源《热带作物学报》，版权归原作者所有。ENC表示偏性的强弱，其理论取值范围为21～61，其值越小表示同义密码子的偏性越强，反之同义密码子的偏性越弱。

当ENC值为60时，表示同义密码子不偏倚。1.6 最优密码子分析最优密码子以芒果ENC值为偏性参考标准，选择最低和最高10%的基因构建高低偏性库，分别计算两组的RSCU值与△RSCU值，将RSCU＞1的密码子确定为高频率密码子，△RSCU＞0.08的密码子定义为高表达密码子。同义密码子提供了基因表达和蛋白质进化间的联系，维持着生物体遗传密码的功能完整性。1.3 相对同义密码子使用度分析利用CodonW软件对相对同义密码子使用度进行分析。

芒果是著名的热带水果，享有热带水果之王之美称。1.5 PR2-plot绘图分析计算各密码子第3位上的A、T、C、G的含量，以A3/（A3+T3）为纵坐标，以G3/（G3+C3）为横坐标进行PR2的偏倚分析。

1 材料与方法1.1 基因序列芒果叶绿体基因组共60个基因序列。为保证结果的准确性，剔除重复且长度小于300bp的编码序列，选择以ATG为起始密码子，以TAA、TAG、TGA为终止密码子的序列，最终选出55条序列进行分析。

芒果叶绿体基因密码子参数的相关分析显示GCall和GC1、GC2、GC3极显著相关（表2）。结合ENC比值频率对差异进行量化分析。

遗传密码又称密码子，编码同种氨基酸的密码子称为同义密码。当ENC值为20时，表示同义密码子完全偏倚。1.2 中性绘图分析统计密码子3个位置上的GC含量，以GC12为纵坐标，GC3为横坐标绘制散点图进行相关性分析。如涉及作品内容、版权等问题，请与本网联系。

密码子偏好性的使用在基因表达水平、共翻译蛋白质折叠、mRNA的稳定性等，反映了翻译优化中突变偏好与自然选择的平衡，因此研究物种密码子偏好性，为探究物种的进化模式与其在系统发育史上的地位提供依据。芒果叶绿体基因组编码序列的ENC值均（48.14）值大于40，分布于35.38～56.56之间，由此可以判断芒果叶绿体基因组密码子的偏性不强。

同时满足上述2种条件的密码子定义为最优密码子。2 结果与分析2.1 密码子使用的总体特征对55条芒果叶绿体基因组的密码序列的碱基组成进行分析（表1），叶绿体基因组密码子3个位置上的GC平均含量为37.94%。

完整的叶绿体基因组为认识进化和自然选择提供机理性的启示。当RSCU=1时表示该密码子没有偏好性